Postoje određene bolesti koštanog sustava koje se mogu uspješno tretirati fitoaromaterapijom. To su osteporoza, giht, osteoartritis i reumatoidni artritis.
Kod osteoporoze fitoterapijom i mikronutricijom zaustavljamo daljnje gubljenje koštane mase i povećavamo ugradnju kalcija u kosti. Kod gihta fitoaromaterapijom i prilagođenom prehranom djelujemo na eliminaciju suvišne mokraćne kiseline i smanjivanje upale. Kod osteoartritisa i reumatoidnog artritisa koristimo lokalne analgetske aromaterapijske pripravke koji smanjuju bol ali i sistemsku fitoterapiju koja djeluje protuupalno na zglobove.